Die politischen Stiftungen zahlen ihren außertariflich angestellten Vorständen, Geschäftsführern oder Generalsekretären zu hohe Gehälter. Das hat der Bundesrechnungshof in seinen Bemerkungen zum Jahresbericht 2021 kritisiert. Die außertariflichen Gehälter entsprächen teilweise dem Niveau von Spitzenbeamten wie den Präsidenten des Bundeskriminalamts oder des Bundesamts für Migration und Flüchtlinge – obwohl sie viel kleiner und mit weniger Personal ausgestattet seien. Das Besserstellungsverbot, nach dem die Stiftungen als Zuwendungsempfänger ihren Beschäftigen nicht mehr zahlen dürfen als die vergleichbaren Beschäftigten des Bundes erhalten, werde durch Versorgungszuschläge unterlaufen, die eine Höhe von bis zu 30 Prozent des Grundgehalts erreichten. Das zuständige Bundesinnenministerium (BMI) habe die Ausnahmen zugelassen, ohne das notwendige Einverständnis vom Bundesfinanzministerium (BMF) einzuholen. Über Jahre hätten weder die Bewilligungsbehörde noch die Wirtschaftsprüfer die Verstöße gegen das Besserstellungsverbot bemerkt, sondern sich gegenseitig auf ihre Angaben verlassen.
Das BMI hat in seiner Stellungnahme eine Prüfung und Rückkopplung mit dem BMF zugesagt, zur Sache selbst gegenüber dem Rechnungshof jedoch eine andere Meinung vertreten: Maßgeblich Jahres-Gesamtentgelte. Dabei bezieht das BMI auch nach seiner Auffassung fehlende Altersversorgung ein. Dem hat der Rechnungshof jedoch widersprochen.