Die Eintragung ins Transparenzregister ist auch für gemeinnützige Organisationen gebührenpflichtig. Bisher waren 2,50 Euro im Jahr fällig, ab diesem Jahr erhöht sich der Betrag auf 4,80 Euro. Um die Gebühren einzutreiben, verschickt der mit der Führung des Transparenzregisters beauftragte Bundesanzeiger Verlag Rechnungen. Um den Gebühren zu entgehen, können Gemeinnützige einen Antrag auf Befreiung stellen.
Immerhin: Gemäß der Aussage der Servicestelle des Bundesanzeiger Verlages können Vereine einen formlosen Antrag auf Gebührenerlass per E-Mail stellen. Die Mitarbeiter des Transparenzregisters setzen sich dann mit dem Verein in Verbindung.